Tous les cours d'eau des Pyrénées-Atlantiques appartiennent au bassin de l'Adour à l'exception des petits fleuves côtiers du Pays basque, à savoir l'Uhabia, la Nivelle, l'Untxin et la Bidassoa qui se jettent directement dans le golfe de Gascogne . On distingue deux bassins principaux, le bassin des gaves et le bassin des nives.
Dans la partie occidentale du département, les rivières se jettent dans les gaves de Pau ou d'Oloron à l'exception du Luy de France et du Luy de Béarn qui naissent au nord-est du département et se rejoignent dans le département des Landes pour former le Luy, lequel se jette dans l'Adour.
Le gave d'Oloron reçoit principalement les cours d'eau pyrénéens du Haut-Béarn et de la Soule. Né à Oloron-Sainte-Marie de la confluence des gaves d'Aspe et d'Ossau, il reçoit peu après les eaux du Vert qui irrigue la vallée de Barétous puis, en aval, celles du Saison ou gave de Mauléon, principal cours d'eau de la Soule.
Le gave de Pau, né au cirque de Gavarnie, entre dans le département à Lestelle-Bétharram et reçoit les eaux de l'Ouzoum, du Béez, de l'Ousse et de la Baïse. Les deux gaves forment les Gaves réunis avant de se jeter dans l'Adour.